亲和标记指用对具有特异的亲和性物质中导入化学反应基团的试剂，有选择地修饰存在于活体高分子的对应结合部位的官能基。因根据亲和标记的目的而设计的试剂，对相应的活体高分子具特异的亲和性，故形成试剂与活体高分子的特异的复合体，结果在结合部位试剂之浓度特别高，因而结合部位的官能基得到良好的修饰。例如，对以芳香族氨基酸为特异的基质的胰凝乳蛋白酶，用基质类似物的TPCK（L-1-甲苯磺酰胺-2-苯乙基氯甲基酮）与之反应，则TPCK在苯丙氨酸之侧链部分与胰凝乳蛋白酶进行特异的结合，在氯化甲酮部分反应，只是在活性部分存在的组氨酸残基有选择地烷基化。为了标记酶的活性中心。效应物的结合部位、抗体的抗原（或不全抗原）的结合部位、受体的激素或神经传递物质结合部位、植物外原凝集素的糖结合部位和核糖体的核酸结合部位等，分别设计出导入与之相应的活体分子化学反应基的试剂。最近基于这样的目的，即从一般与化学试剂反应性低的残基所结合的部位为特异标记，应用了导入在光照下获得高度化学反应性的基团的活体分子类似物（光亲和标记photoaffinity labeling）。