东吴赤乌四年（241年），西天竺僧康僧会建保宁寺。

南朝刘宋年间（420～479年），称为祇园寺。

唐朝开元年间（713～741年），改称长庆寺。

南唐保大年间（943～957年），又改称奉先寺。

北宋太平兴国年间（976～984年），帝赐以“保宁寺”之额。寺中有凤凰台、白塔、观音殿、罗汉堂、水陆堂等建筑，寺僧约五百人。

北宋政和七年（1117年），敕改为神霄宫之名。

南宋建炎元年（1127年），恢复“保宁寺”旧称。

南宋建炎三年（1129年），帝以之为行宫，寺遂废绝。又本寺以牛头宗之祖牛头法融为开山祖师，一度极为兴盛，先后有奉先慧同、保宁仁勇、古林清茂等高僧住之。