高元是平原王高阳成之子，565年被立为太子，590年平原王死后继承王位。

由于缺乏史书记载，高元的内政措施所知不多，唯一比较重要的就是600年命太学博士李文真将高句丽国史《留记》100卷整理为《新集》5卷。

高元的事迹集中于与隋朝的交往方面。高元继位后即接受隋文帝册封，拜上开府仪同三司、辽东郡公，后应高元请求，升其为王。598年，高元率靺鞨之众万余骑侵扰辽西，隋文帝大怒，命汉王杨谅领水陆军征讨，并下诏罢黜高元爵位。但由于后勤问题及瘟疫，隋军军心不振，到了辽水，高元惶恐请罪，自称“辽东粪土臣元”，隋文帝乃罢兵，恢复爵位，高元继续遣使朝贡。到隋炀帝时，高元派使臣联络东突厥启民可汗，炀帝得知后征高元入朝，高元恐惧，藩属之礼颇有缺失，引发隋炀帝三征高句丽。最终隋朝未能征服高句丽，高元也没有入朝。