更新时间：2023-11-20 10:30
建文帝初即位，视朝颇晚。尹昌隆上疏进谏：“高皇帝（明太祖）鸡鸣而起，昧爽而朝，未日出而临百官，故能庶绩咸熙，天下乂安。陛下嗣守大业，宜追绳祖武，兢兢业业，忧勤万几。今乃即于晏安，日上数刻，犹未临朝。群臣宿卫，疲于伺候，旷职废业，上下懈弛。播之天下，传之四裔，非社稷福也。”建文帝说：“昌隆言切直，礼部其宣示天下，使知朕过。”不久，以地震上言，贬谪福宁县知县。燕王朱棣发起靖难之变，尹昌隆以北来奏章引用周公辅成王为借口，劝说建文帝罢兵，允许燕王入朝。假设有过错，便举位让贤。若犹豫不决，则进退失据，将来要求做丹徒布衣且不可得。
明成祖入京师，尹昌隆名在奸臣中，与齐泰、黄子澄、方孝孺等人并列。尹昌隆将被处决，面对明成祖大呼：“臣当时曾上章，劝以位让陛下，奏牍尚在可覆按也”，明成祖命暂缓行刑，阅其上奏，流涕说：“大烧头若早从此言，则南北生灵受祸未至者是之酷，朕亦无此劳苦也”。明成祖宽免了尹昌隆的死刑，命辅助世子于北平，尹昌隆顿首谢恩。
永乐二年（1404），册封世子为皇太子，擢升尹昌隆任左春坊左中允。尹昌隆随事匡谏，得到太子的器重。解缙罢官，同日，改任尹昌隆任礼部主事。礼部尚书吕震当权，性格刻薄妒忌。当吕震独处思考时，以手指刮眉尾，则必有密谋深计。官属相戒，没有人敢于奏事。尹昌隆上前奏事，吕震大怒不应；过了一会，尹昌隆又开始奏事，吕震愈加愤怒，拂衣而起，说：“事当行自行，何问？”尹昌隆恭敬不安地退下后，与人商量，有人建议说：“今既请不得，公旧事东宫，皇太子素知公，何不启取今旨行之”。于是尹昌隆告诉太子，取令旨行事。吕震大怒，参奏尹昌隆假托宫僚，暗中想要营私结党，潜藏无君之心，又说尹昌隆“身事庶人，名在党籍，侥幸苟免，见利忘义，其心叵测，其行匪良，不宜任用”。尹昌隆被捕入狱。后遇赦复官。丁父忧，起复。尹昌隆拜访吕震，吕震温言接待。入理前奏，复下锦衣卫狱，查抄其家。明成祖巡幸西京，凡是下诏狱者率舆跟随，称呼为“随驾重囚”，尹昌隆名列其中。
永乐十五年（1417），谷王谋反事发。谷王交代尹昌隆任长史时，与他同谋，下诏公卿会审。尹昌隆起初不服，力辩不已，被吕震驳斥。尹昌隆知不可免，于是不再说话。罪案已定，处以极刑而死，诛杀他的亲族。同年，吕震病重将死，痛不可忍，辗转于床褥之间，常常号呼“尹相，尹相”，妻子问之，吕震回答尹昌隆守着，想要杀他。
《明史》：直言敢谏之士，激于事变，奋不顾身，获罪固其所甘心耳。然观尹昌隆死于吕震；耿通陷于高煦（朱高煦）；刘球之毙，陈鉴之系，由于王振；杨瑄之戍，厄于石亨、曹吉祥；乃至戴纶谏游猎，陈祚请勤学，钟同、章纶、廖庄倡复储，倪敬等直言时事，皆用贾祸。忠臣之志抑而不伸，亦可悲夫。