正统十三年（1448）又特别规定：巡抚一职必须由中央官员都御史（正二品）专任此职。另外，中央在给巡抚的公文中大都有“听尔便宜行事”之语。这样，明代山东巡抚全权负责山东省军政事务，成为山东地方最高行政长官，但尚属临时派遣，无固定任期。明代山东共有12位巡抚，除1位是举人外，其余11人全为进士。

清朝于顺治元年（1644）设山东巡抚一职，全称“巡抚山东等处地方提督军务、粮饷兼理营田”，驻济南，官阶为正二品，并成为定制。康熙四十年，管理山东河道。康熙五十三年（1714）兼办理临清关事务；乾隆八年（1743）兼提督衔；道光十七年（1837）兼理山东盐政事务。由于有以上兼职，实际上清朝山东巡抚为从一品，是代表中央统管山东全省军政事务的最高地方行政长官。另设其办事机构“巡抚衙门”，又称“巡抚部院署”或“巡抚院署”，是全省最高行政机关，驻济南珍珠泉院内。衙门内部没有固定的组织机构，只有“六房书吏幕友”和一些附属职员，“六房”即吏、户、礼、兵、刑、工各房，分掌其事；书吏幕友掌管文书案件。其组织机构特点为决策的官员少而精，办理具体事务的胥吏多。据光绪《山东通志·职官志》载，清代1840年鸦片战争爆发前山东共有116位巡抚，有科举功名的为55人，占总数的47%，其中进士为41人，占总数的35%，举人贡生等为14人，占12%；南方籍巡抚为30人，其中进士为23人，进士比例高达77%。没有取得科举功名而又能出任巡抚之职的多为满洲亲贵。据(清)岳濬、法敏修，杜诏等纂《山东通志》（清乾隆元年<丙辰1736>刻本）卷二十五之二职官二整理。