永乐二年（1404）进士，选庶吉士，参与编修《永乐大典》，僻书疑事，有所未通，同事多向他求证。升任礼部主客司郎中，不惧礼部尚书吕震。得到太子朱高炽的举荐，升任广西左布政使。坐事罚役，后赦免还乡。

洪熙元年（1425），起任河南左布政使。与右布政使萧省身绳豪猾，去贪残，上疏滞举废，救灾恤贫，数月政化大行。丁忧归乡，明宣宗命侍郎魏源代替他。当时河南大旱，廷臣以李昌祺廉洁宽厚，河南百姓怀念，请求起用李昌祺。命夺丧乘传上任，抚恤甚至。

正统元年（1436），上书言三事，得到采纳。

正统四年（1439），致仕。居家二十余年，“隐居不入公府，故庐裁蔽风雨，伏腊不充”。

景泰二年（1452），去世。