在王安石推行新法运动时，蒋之奇正任福建转运判官。当时各地推行免役法，搞得很乱，蒋之奇做得却是很有条理。而且当年正值田岁歉收，逃荒者甚多，他就招募这些人，在天长、宿县一带兴修水利，“用工致百万，溉田九千顷，活民八万四”。这样就既赈济了流民，又有利于消弭灾患。在此期间，他历任江西、河北、陕西副使，又提升为江、淮、荆、浙发运副使。元丰六年（1083年）他开凿龟山左面至洪泽河一段新河，使淮河分流，减轻了水患，由于他的苦心经营，政绩一时广为传颂。皇帝也给他升了两级，加直龙图阁，升发运使。

元祐初年（1086年），蒋之奇晋升为天章阁待制、知潭州知府。后改任集贤殿修撰，知广州。广州知府任内，岑深作乱，气焰嚣张，肆虐百姓。之奇就谴将讨伐，一举活捉了岑深，恢复了地方的安定。由此，他又升为宝文阁待制，当时南海一带很富饶，在那里的贪官污吏也不少，蒋之奇就在这里把以前在南海任职过为百姓称道的清官，如吴隐之、宋瑾、李勉、卢焕等人绘了画像，为之建造“十贤堂”祭祀。他之所以这样做，一方面是为了纪念这些当官为民的清官；另一方面，也是用以教育当地的官员，提倡廉正为民。