2006年9月1日，阎崇年再登“百家讲坛”，正说历史基本观点主讲《明亡清兴六十年》系列，最大的还原历史真相。同时中华书局出版同名图书，运用以事带人的写法，反映一个十分复杂的时代，阎崇年认为明亡清兴的六十年，是中国近代社会的缩影，学习这段历史对了解近代中国的发展脉络具有重要意义。

2008年3月，阎崇年三登“百家讲坛”，主讲《康熙大帝》系列。20世纪60年代初，阎崇年决定研究清史主要读《清圣祖仁皇帝实录》，看《康熙起居注册》等。1964年，他写出论文《评康熙帝》，之后关注学习康熙朝历史四十余年。2010年，阎崇年根据《百家讲坛》的讲座内容，整理而成《康熙大帝》一书，之后由中华书局推出。在《康熙大帝》一书中，阎崇年从国际、平民、电视、公正和人文等五大视角，对康熙的成长经历、丰功伟绩、日常生活、遗憾缺失等一一进行阐述，全面介绍康熙皇帝跌宕起伏的一生。阎崇年说，希望这本书成为励志读物，对小读者而言，康熙的自强不息精神值得推崇，他小时候就失去父母，患过天花，但他克服困难，一步步实现自己的宏愿。对中年读者来说，能从书中了解康熙为了国家所进行的奋斗。而作为特定读者群的公务员从中会汲取营养，了解康熙如何治国。而说到康熙个人修养、自身学习时，阎崇年很推崇一句话：“圣人、贤人和凡人、俗人有什么区别，就两个字——志、学”。阎崇年评价康熙大帝是中国皇朝史上的千年一帝，世界史上的千年名君。康熙与俄国彼得大帝、法国路易十四，同列世界伟大君主。

2012年2月24日，阎崇年四登“百家讲坛”，主讲《大故宫》系列，共60讲；同年，长江文艺出版社推出阎崇年作品《大故宫》第一部。《大故宫》以建筑空间为线索将颐和园、圆明园、避暑山庄、沈阳故宫博物院等纳入故宫姻系，以此脉络，透彻解析绵延千百年的封建皇家族系、机制构架、社会人文、文化渊源，以及建筑、文物、民风等。阎崇年力求多视角、多元化解读“大故宫”，广泛联系各领域专家，以及国外史学家和汉学家进行沟通。而且所讲内容进行实地考察，动员全家核对、搜集资料。阎崇年称《大故宫》是开启通往中华五千年历史文明的钥匙。

2017年5月，阎崇年第五次登上“百家讲坛”，主讲《大故宫》第四部《御窑千年》；5月9日，其专著《御窑千年》在三联书店出版并举行新书发布会。这是一部历史学家撰写的简明瓷器文化史。阎崇年立足中国历史，品味御窑瓷器的传世精品，纵论御窑的兴与衰，透视瓷器的情与趣。历史的观察，人文的叙述，以小见大，寓理于器，淋漓尽致地展现御窑及瓷器对于中国文化发展的作用，画龙点睛地提升瓷器之路对于中西文化交流的贡献。全书以御窑和御窑瓷器为核心，探讨瓷器背后的历史大事，歌颂工匠精神，探索御窑千年的生命与灵魂在于创新——思想创新、管理创新、技艺创新、产品创新，揭示陶瓷在中西文化交流中的重要作用。点面结合，学术性与普及性兼顾，以瓷器为切入点介绍中华传统文化。《御窑千年》主讲的是皇家制瓷，阎崇年认为瓷器历史复杂虽民窑众多各具特色，但官窑的制瓷是由当时最好艺术家、书法家所绘制，更能代表工艺水平的发展以及工匠智慧，《御窑千年》也是对历史上名工雅匠的致敬。运用广播、电影、电视、网络等新载体，以语音、影像、文字三位一体系统传承历史科学，进行全球性的中华历史文化传播，给社会带来巨大影响，被誉为“影视史学”的先鞭。

1983年，阎崇年出版第一部学术著作《努尔哈赤传》，这是世界学术史上第一部系统研究清太祖努尔哈赤的著作。这本专著阎崇年花费近20年的时间写成，包括十年‘文革’动荡。阎崇年称其为“今后学术历程的新起点”。

2014年，阎崇年出版通俗历史读物《努尔哈赤全传》，其注重历史对现实的启示，保留学术著作的注释体例。《努尔哈赤全传》站在历史的宏观视角，呈现努尔哈赤的经历，而且侧重讲解努尔哈赤对整个清朝及中国社会历史进程的影响，同时，再现清朝开国波澜壮阔的历史画卷。

2018年4月，阎崇年原创性的学术专著《森林帝国》在生活·读书·新知三联书店出版，这是中外史学界首次提出“森林文化”的概念。其内容论述中原农耕、西北草原、东北森林、西部高原和东暨南部沿海及岛屿海洋五种文化形态的概念。阎崇年提出论述文化统合的概念，认为满洲统治集团从森林文化中走出来，利用政治、文化、宗教等政策，整合农耕、草原、高原以及海洋文化，使各文化之间合而不同、自身得到发展，又互通有无、促进多元文化的共同发展。森林文化、森林帝国、中华文明五种文化形态概念的提出，有助于分析、研究和阐述森林帝国取得政权和巩固政权的文化根因，和利于澄清两个认识误区：第一，认为中华文明帝国只有一种文化形态；第二，认为文化统合就是文化征服或文化同化。中华文明之博大，在于其文化多元；中华文明之绵延，在于其文化统合。中华文明发展宝贵经验在于两个字——“合”与“一”，实现中华文化多元统合，形成中华民族多元统一。

2023年，《阎崇年史学论集.清史卷》由三联书店出版。包含三卷，卷上是综论叙述，如满洲的东北地域文化、清代法制、历史大势等。卷中内容主要围绕努尔哈赤与袁崇焕展开，进而研究明亡清兴的历史。卷下内容则以清入关为背景，多角度关注康熙王朝。《阎崇年史学论集》中包含明史、清史、故宫史、北京史以及满学五大领域的97篇论文。

第一“得”，传承历史的能量增大。历史学者是传承历史，不是创造历史。1994年，阎崇年出版《袁崇焕研究论集》，拓印200本。1994年至2014年间，20年时间《袁崇焕研究论集》仍有剩余。2004年后，阎崇年社会知名度不断增加，出版《袁崇焕传》并印刷5万册，扩大历史传播范围，传承历史的能量也随之增加。

第二“得”，个人见解提升。阎崇年早期研究历史时，主要在书斋看相关文献。后来接触到更丰富的研究条件，能各地交流和实际考察。如研究“萨尔浒大战”，除依靠文献资料外，阎崇年将大战的四路行军路线陆续走了一遍，并把实地考察的材料写到书里，提升见识，丰富文献。

第三“得”，了解群众对历史的看法。阎崇年过去多是和学界同行交流，缺少普通群众对历史的态度看法。之后，阎崇年通过与读者交流了解到普通读者“大汉族”想法。因此，阎崇年在研究和宣传相关历史和民族政策时，更为严谨认真。

一“失”，由于阎崇年社会知名度的不断增加，社会活动也随之增多，导致阅读文献的时间也减少许多。因此，阎崇年深感遗憾。

“四合”是阎崇年的人生哲学观。阎崇年认为，“止于至善”是《大学》指明的人性修养的最高境界，也就是达到“至善”的大境界。具体说来，“止于至善”，就是要科学地调理天、地、人、己的四维关系，达到“四合”，也就是要达到天合、地合、人合、己合。达到四合是个过程，在过程中不断趋近“四合”，攀升到人生的最高境界。

“天合”即天时，天人关系。天人关系，是中华文化和人生智慧的一大特点。天，有多种解释：天命、天道、天理、天时等。这里说的天，主要是指天时。

问天人关系，屈原作《天问》：“明明暗暗，惟时何为？阴阳三合，何本何化”？探究天人关系，董仲舒作《春秋繁露·深察名号》提到：“天人之际，合二为一”。司马迁说：“究天人之际”，这些都是在探讨天与人的关系。“天时”有大天时、小天时。魏源《圣武记》中说“小天时决利钝，大天时决兴亡”即成大事业者，必有大天时。《孟子·公孙丑下》说：“五百年必有王者兴“。明末清初，中国历史的“天时”面临大动荡、大变革，这就是一个大天时。天时不停地在变。《易经》“天行健，君子以自强不息”，《大学·序》“天运循环，无往不复”讲的是天体在不停运行，人要不断地努力，而人认知滞后，与天不合，所以要顺应天时，做到“天合”。那要如何做到”合“呢？首先，察知天时。“观乎天文，以察时变”，“知时务者为俊杰”。俊杰的一个特点是要“知时务”，就是要观察天文运行，了解时间变化，感悟天时、顺应天时。其次，顺应天时。《老子》“动善时”，《孟子·离娄上》“顺天者存，逆天者亡”，强调的都是顺应天时。最后，不失天时。《晋书·宣帝纪》“圣人不能违时，亦不失时也”，《嘉靖通州志略·序》“作天下之事本乎机，而成天下之事存乎会；机以动之，会以合之，古今之所有事，率由是也”。在顺应天时的时候，也要抓住机会，既不违时，又不失时，而与天合。

“天时不如地利，地利不如人和”，“人和”最初指和睦、和谐。阎崇年提到人合既包括人与人之间的和睦、求同、融合，也包括人与人之间的差异、矛盾、冲突。“人合”是做事、做人，为官、从政的重要条件。成大事者，必有大“人合”，而人与人之间的关系是“君子和而不同，小人同而不和”。可以说有多大的“人合”，就有多宽的胸怀，有多高的境界，成多大的事业。所谓“人合”，碰到的难题是：如何对待小人和敌人。遇到友人和贵人，要恭敬；遇到小人和敌人，要感谢；《正蒙·太和篇》提到“仇必和而解”就是要感谢小人和敌人。

己合主要是生理、心理、伦理的平衡。一，生理平衡。人的生理，经常处于不平衡状态，所以会生病。人们往往被疾病和痛苦所折磨。生病有外因，更重要的是内因。维持生理平衡，就要促使身体健康。严格地说，有多健康的身体，就能做多大的事业。要善于调整身体内在因素，尽可能保持一个平衡、健康的身体。《史记·太史公自序》“神大用则竭，形大劳则敝，形神骚动，欲与天地长久，非所闻也”！就是强调劳逸结合、强身固本。二，心理平衡。苦闷、烦恼、焦虑和烦躁的情绪，会使人的心理经常处于不平衡状态。所以要保持黄金心态，碰到困难要阳光、喜悦；遇到委屈要坦荡、豁达；遭遇坎坷要淡泊、宁静；面临胜利要谦虚、谨慎。具体来说，就是事大气静、顺谦逆奋，善待自己，自解得失。《早秋山居》诗云：“树凋窗有日，池满水无声”，既享受顺利，考虑困厄，又正视困难，看希望。三，伦理平衡，即重在修身。《大学》“八目”：格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下。修身，既是格物、致知、诚意、正心的根本，也是齐家、治国、平天下的基础，所以，“八目”的核心是修身。修身的要义是克己从善，就是“止于至善”，也就是达到“四合”。修身所追求的目标是“仰不愧于天，俯不怍于人”。范仲淹《岳阳楼记》追求“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的修身意境，力求达到张横渠所言的最高境界“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”。

阎崇年说：“我受了商人之家的影响，跟纯农民来讲，品格中多了一些机变。跟纯城市人比呢，多了一些吃苦能力。跟纯市民来比呢，又多了一点勇敢。”比较能吃苦一点，比较勇敢一点，也比较机变一点，这三点对他的治学影响很大。“治学必须要吃苦，要勇敢，因为你学术要突破，不停地创新，不停地突破，创新、突破要有胆量”。勤奋、刻苦、执着、创新这些固然重要，但他始终认为勇敢是作为学者最为重要的品格，自己能够在学术界有一点成就，或许就是因为比同行多一些勇敢的原因。“一个学者在遇到困难的时候没有胆量是不行的”阎崇年说。

阎崇年为栏目做出奠基性、里程碑意义上的贡献的主讲人。从他开始，《百家讲坛》摸索出一条由一位主讲人用通俗活泼的方式按照电视的规律讲述历史文化专题的路径。（《百家讲坛》聂丛丛 评）

阎先生不吝将思考了20多年的“赫图阿拉之问”作为首期内容，以生动的语言传递富有逻辑性的深刻思考，用他独特的人格魅力和号召力，为远集坊打了开门红。各界人士重聚远集坊，畅谈《日新集》，是庆贺阎先生至诚、至善，慎终如始，安康吉祥，也是为贯彻中国版权协会传播优秀文化和卓越思想的理念再添一笔重彩。（阎晓宏 评）

阎崇年在历史研究领域具有很多开创性的见解，比如1983年出版的《努尔哈赤传》是国内外第一部研究清太祖努尔哈赤的学术专著，百余万字的《清朝开国史》至今也是该领域最为系统详尽的研究成果。阎崇年通过央视《百家讲坛》这个窗口，将专业的历史知识大众化。（清史专家、南开大学冯尔康教授 评）

2008年10月5日，阎崇年受邀前往无锡，参与太湖书市签售活动。下午14:30，一名二十多岁男子在阎崇年签名时挥手掌掴其脸部。事后，阎崇年坚决否认“签售被打”是缘起学术之争。理由是，首先双方须是学者，且从事学术研究，其次需阐述学术观点，并有论据、分析和逻辑论证的过程。但阎崇年与行凶者素不相识，不曾言语争辩所以他认为不是学术争论。阎崇年表示不反对学术争论，但要满足清史专业、在清史研究领域上有学术专著、有参加国际学术讨论会的经历，三个条件。最后，阎崇年表示这次意外对他的清史专业研究不会造成影响。